按照“信息互通、资源共享、协调有序、务实高效”的原则，阿里地区结合本地实际，建立了河长制湖长制工作部门协调联动机制,形成了“各司其职、各负其责、主动配合、齐抓共管、协调联动、运转高效”的河长制湖长制工作新格局。

阿里地区主要从以下四个方面建立部门协调联动机制：一是为加强地直有关部门之间的信息交流，建立集发改、水利、环保、住建、国土、旅发、交通、电力、农牧、林业、水文、气象等多部门数据为一体的地区河长制湖长制综合信息管理平台。二是加强规划统筹，由地区总河长办“顶层设计”，制定地区级重要河湖综合整治方案，明确河长制湖长制推进目标、工作措施等，地直各部门根据具体情况，在地区级重要河湖综合整治方案的框架下，制定专项实施方案，实现河长制湖长制工作的无缝化衔接及协同推进实施。三是加强联合检查，地区总河长办负责组织，各成员单位参加，每季度一次进行分组检查。四是加强联动执法，根据工作需要，在地区总河（湖）长办的统一协调下，成立由地区水利、环保、国土、住建、旅发、农牧、林业、公安、综合执法、水文等相关部门组成联合执法队伍，建立以日常执法与专项执法相结合的联动执法机制，对所涉河湖出现的污水排放、堆放垃圾、设置障碍、非法捕捞、非法养殖、非法建筑、围垦湖泊、侵占水域岸线等违法违规行为进行综合整治。

通过建立部门协调联动机制，加强了地直部门间的联系沟通，密切协调配合，有效推动河长制湖长制各项工作。